1993年5月，洪森作为柬埔寨人民党推荐的首相候选人参加在联合国监督下的大选，输给了诺罗敦·拉那烈领导的奉辛比克党，出任柬临时民族政府联合主席、柬埔寨王国政府第二首相，兼任高棉皇家军队联合总司令。由于人民党和奉辛比克党在权力分配和处理红色高棉问题上意见相左，矛盾日益尖锐，洪森于1997年7月发动武装政变，驱逐了拉那烈，罢免了其第一首相职务。
1998年柬埔寨举行第二次大选，在西哈努克的调解下，人民党与奉辛比克党达成全面合作协议，共同组成联合政府，洪森再次出任首相，并兼任负责任命国王继承人的最高王位委员会主席。
3. 重视发展对华关系
洪森重视发展和中国的关系，自1991年7月首次到中国出席柬埔寨全国最高委员会会议后，曾多次率团访华，还对云南和贵州两省进行过工作访问，参加过在广西南宁举行的中国—东盟对话关系峰会和中国—东盟商务和投资峰会。洪森特别赞赏中国在经济建设与经济改革方面取得的成功经验，并在柬埔寨的政治经济建设中实践中国的经验。洪森在多次访华时都强调，两国从好邻居、可信赖朋友发展到全面战略合作伙伴关系，这充分表明柬中关系是不同政治体制国家合作的典范，柬埔寨很高兴看到中国日益发展和繁荣，这不仅造福于全体中国人民，而且也有助于中国在国际和地区事务中发挥更加积极的作用。