第二，人文科学当然可以借鉴或移植在自然科学或社会科学领域中广泛使用的方法，包括实证的、数学的、逻辑的方法，但人文科学毕竟不同于自然科学和社会科学，要对人文科学所涉及的人的精神价值与意义世界有真正的了解把握，就必须形成与人文科学学科特征相适应的特殊方法论与认识论体系，形成独特的人文科学研究方法与研究手段。因此总体上可以这样说，人文科学的研究活动，一方面离不开理性思维，需要运用实证或逻辑的方法，但与自然科学和社会科学相比较而言，人文科学却在更广泛和更普遍的领域中需要借助于研究者个人的主体性内心感受、情感体验和心性直觉的方法，借助于研究者个体生命中直接的体悟过程，以艺术的、诗性的、灵动的方式，在理性与激情、理智与本能、思想与意志的既矛盾又统一的运动中，来把握人的精神、情感、价值意义这个特殊的精神世界。同样的，近代以来，那些特别强调人文科学的学科独特性的人也一直在坚决反对将自然科学的实证方法简单移植到人文科学的研究领域中来，他们不停地在追求着各种独特的人文科学方法论与认识论体系，并形成被称之为“人文主义”或“人本主义”的研究方法与研究手段，以此来抗衡将自然科学方法移植到人文科学领域中来所形成的“科学主义”方法论。人文科学的认识论和方法论的发展史，在某种意义上说也就是一部“科学主义”与“人本主义”两种认识论与方法论模式既矛盾冲突又相互渗透融会的历史。近代以来人文科学发展的历史说明，人文科学要形成自己独特的方法论与认识论体系，必须将科学理性与艺术灵性结合起来，将研究中的客体对象性因素与主体自觉性因素有机地结合起来。在强调这一面时不能完全否定另一面，否则无论强调哪一面，都可能陷入认识论与方法论上的片面与绝对。